射芯機早已實現了自動化運行，與之相關的一系列操作工序都是由相關的系統控制自行完成的，但是如果在這過程中出現問題的話，該如何正確應對呢？以便于將影響控制在小范圍內。

由于不是受人為控制的，因此一旦射芯機在自動運行中發生故障的話，只能通過按停止按鈕來使它停止工作。但這時，射芯機的芯盒仍然在繼續加熱，所以需要根據實際故障情況來決定是否要終止這部分加熱作業。
將故障及時排除之后，就可以重新啟動射芯機了，一般都是先按壓停止按鈕再按壓復位按鈕，確保設備中的每個零部件都回歸到原始位置，這樣才能正常的作業。如今設計的射芯機也都非常了，其控制系統都是按照合理的工藝流程編制的，因此控制起來會相當便利。